Atxaga er født i Asteasu, Gipuzkoa, (Baskerlandet).

Han er uddannet i økonomi fra universitetet i Bilbao, og har studeret filosofi ved universitetet i Barcelona. Indtil han i 1980 udelukkende koncentrerede sig om at skrive, arbejdede han som økonom, boghandler, professor i baskisk sprog, forlægger og radiospilsforfatter.

Hans første tekst blev offentliggjort i 1972 i en antologi med baskiske forfattere. Hans første novelle “Ziutateaz”, blev udgivet i 1976. Hans første digtsamling, “Etiopia”, udkom i 1978. Han har skrevet skuespil, sange, romaner og noveller. Hans novellesamling “Obabakoak”, udgivet i 1980, satte for alvor hans navn på landkortet, og sikrede ham flere priser, så som den spanske nationale litteraturpris. Samlingen er indtil videre oversat til mere end 20 sprog.

Atxaga skriver primært på det baskiske sprog, Euskara, men oversætter også sit arbejde til spansk. Efter “Obabakoak” er flere af hans bøger oversat til andre sprog.